海山继位之后，继续推行宽松的政策，想要实现忽必烈时期的伟大构想，东西真正一统（铁穆耳只是形式上统一了东西），但是当时朝廷皇帝海山、皇太子爱育黎拔力八达、皇太后答己三旨并行的格局让他深感不便。
于是海山在中书省之外（此时中书省的老大是皇太子爱育黎拔力八达）设置尚书省，以分中书省权力，尚书省的大臣都是在漠北时他的亲信，利用尚书省推进改革。
他一方面改革纸钞发行制度，想要稳定住纸钞的地位，发行“大元通宝”和“至大通宝”，并允许前朝历代铜钱可以一起在市面流通（颇有权宜之计的意思）。另一方面还下令准备整饬吏治（不过这事一直到他去世都还只是停留在制定方案的阶段，毕竟这个时候的蒙古诸王没有不贪的，大臣也都有样学样，你让自己制定制度整饬自己，能试行下去才是见鬼了，这事儿虽然没干成，但是却把上上下下的官员给得罪了一遍。）同时他还大肆分封有功之臣，大兴土木，在登基第十天就下令在上都和大都之间的，旺兀察都（河北张北）兴建元中都，他还下令在上都和大都大量修建寺庙。
从现在来看，海山制定新的货币政策、大力倡导反腐，在当时是直指时弊的，可惜他这皇帝不咋当家，以至于好的政策没咋见成效，反而因为大肆分封、大兴土木更加剧了国家矛盾。这一系列举措，不但招致许多大臣反对，同时也加剧了他和皇太子、皇太后之间的矛盾。
这里要说一下，为什么海山在位的时候会出现三令并行这种奇观呢？皇帝、太子、皇太后身后代表着三方势力，皇太子爱育黎拔力八达因自小接受儒家思想教育，其老师李孟又是大儒，因此他天然的和儒家官员亲近，获得他们的支持在所难免，而因为海山登基后，大肆安排自己的亲信，惹来蒙古诸王不满，他们纷纷投靠到维护他们利益的皇太后答己身边，而皇帝海山支持者就是他的漠北亲信，相较于答己他的势力是弱了一点，毕竟元朝的大权掌握在蒙古诸王手里。
皇帝和皇太子的冲突摆上桌面，是因监察御史张养浩在至大三年上书的《时政书》，里面列举海山十项弊政：一曰赏赐太侈、二曰刑禁太疏、三曰名爵太轻、四曰台纲太弱、五曰土木太盛、六曰号令太浮、七曰幸门太多、八曰风俗太靡、九曰异端太横、十曰取相之术太宽。
啥意思嘞？意思就是说啊你海山赏赐诸王的土地、财宝太多了，对刑法不重视，封的爵位太多以至于质量下降，不讲究长幼尊卑，建造的宫殿、庙宇太多，发号的施令没啥实际意义（就是假大空），给奸佞小人做官的门路太多（朝中奸诈小人太多），宴饮频繁且奢华无度，各种教徒横行无忌，经常爱算命（比较相信相士的胡言乱语）。
要说这些话都是实话，举个例子大家就知道异端太横是啥意思了：海山上台之后，制定了优待喇嘛的政策（终元一朝，国教一直是藏传佛教，藏传佛教地位之高没有能与之匹敌的），规定老百姓殴打喇嘛的砍手，辱骂喇嘛的断舌。至大元年（1308年），发生过这么一件事，也说明喇嘛在元朝的地位之高：说是在上都，居住在开元寺的喇嘛强抢卖柴人的柴火，被卖家告到上都留守长官李璧那里，李璧升堂正在问岸，结果这时候一群喇嘛手持武器杀进大堂，不但把卖柴人打死了，还把李璧拖在地上一顿毒打，就这不尽兴，还关了李璧禁闭，李璧咽不下这口气，上书告状，结果是不了了知。第二年又发生了更离谱的事，一群喇嘛在路上走，因为诸王合儿八剌之妃忽秃赤的斤抢了他们的道，结果这群喇嘛竟然不由分说的把王妃拉下车打了一顿，事情报上后，海山也是置之不理。这些事都反映出喇嘛在元朝的权势之大，这样大家就能明白金庸先生的神雕里面金轮法王为何敢如此嚣张了吧，因为他就是这么嚣张，简直就是二皇帝。
上完书之后，张养浩知道自己会不能见容于当朝，于是隐姓埋名连夜逃跑、辞职不干了。
但是以这事为导火索，尚书省左丞相三宝奴和宦官李邦宁（元朝是没有宦官的，被认为不人道，这个宦官是南宋时期的战利品）建议海山废除兄弟叔侄世世相承的约定（元朝贵族对律法不咋遵守，但是一般对互相之间的约定很是看重），废掉皇太子爱育黎拔力八达，立海山的儿子和世㻋为太子，这事儿海山的亲信康里脱脱却站出来反对，坚决不同意，从后来的情形看海山应该也没同意。
不过这事却被皇太子爱育黎拔力八达知道了，虽然元史没记载这事以后的事情，但是海山确实是在第二年死掉了，对此有人怀疑是皇太子爱育黎拔力八达下的毒手，但是这事无法考究。从后来皇太子爱育黎拔力八达一登基就全部废除海山的新政，废除兄弟叔侄世世相承的约定，立自己儿子为太子这事儿来看，海山死于皇太子之手的可能性极大。
1311年，海山去世，由于之前约定好的，皇位由皇太子爱育黎拔力八达继承，爱育黎拔力八达没有按照约定立海山的儿子为皇太子，而是立自己儿子硕德八刺为皇太子，自此之后元朝皇帝更替进入快车道。
从海山至死没有毁约，登基为帝之后又不忘旧臣，大量分封来看，其本人还是比较重承诺、讲交情的，但是这只能说他是个好人，却不能说是个好皇帝。他在位不足四年，一系列新政基本随着他的去世戛然而止，不过虽然政治上没啥亮点，但是在文化和外交上还是取得了一定成就的。
海山登基两个月之后就下诏，在孔子的封号“至圣文宣王”前加“大成”二字，是为“大成至圣文宣王”，并遣使祭祀，以表尊崇，这是孔子在历代王朝（除西夏外）中得到的最高级别的封号。他在优待藏传佛教的同时，也下令优待道教，同时断禁白莲教的前身——白莲宗，这也是历史上对该教派的首次禁令，此禁令到仁宗继位后才解除。
海山在位时候，凭借自己在西北边陲的威望，解决了困扰元朝几十年的西北边疆问题，蒙古世界的几个汗国之间恢复和平，同时也加强了与高丽、安南等藩属国的关系，使得关河宁静。
